Το κύριο προϊόν του Αγροτικού Συνεταιρισμού Ζαγοράς Πηλίου, είναι τα περίφημα Μήλα Ζαγοράς Πηλίου, τα οποία παράγονται σύμφωνα με τους κανονισμούς της ΕΕ ώς Προστατευόμενης Ονομασίας Προέλευσης (ΠΟΠ Μήλα Ζαγοράς Πηλίου). Τα ΠΟΠ Μήλα Ζαγοράς αποτελούν έως και το 93% της συνολικής παραγωγής του Συνεταιρισμού.
Τα ΠΟΠ Μήλα Ζαγοράς Πηλίου ξεχωρίζουν για την εξαιρετική τους ποιότητα, την ιδιαίτερη γλυκιά τους γεύση, την τραγανή υφή τους, το ιδιαίτερο άρωμά τους καθώς και το βαθύ κόκκινο χρώμα τους.
Επιπλέον, το μοναδικό μικροκλίμα της συγκεκριμένης περιοχής, που βρίσκεται σε υψόμετρο 300 έως 700 μέτρα, αλλά και η χρήση παραδοσιακών καλλιεργητικών τεχνικών υπό τη συνεχή επίβλεψη των γεωπόνων του συνεταιρισμού, είναι ο βασικός παράγοντας για την αναγνώριση των καλλιεργούμενων μήλων ως προϊόντων ΠΟΠ.
Ο Συνεταιρισμός πουλά τα περισσότερα Μήλα ΠΟΠ στην Ελλάδα και τα εξάγει επίσης σε αγορές της Ανατολικής Ευρώπης (Βουλγαρία, Ρουμανία), στην Κύπρο, την Αίγυπτο και στη Μέση Ανατολή.